Multidisipliner bilim ekibinden malign melanomun erken tanısına yönelik önemli proje

Ege Üniversitesi Sıhhat Bilimleri Enstitüsü öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner’in yürütücülüğünü yaptığı “Melanomun Erken Tanısı, Displastik Nevüslerden Ayrımı İçin Deri ve Kan Örneklerinde Mikrobiyota ile Lipid Profillerinin Rolü” başlıklı proje, TÜBİTAK- ARDEB 1001-Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı kapsamında desteklenmeye uygun bulundu.

Proje takımını makamında ağırlayarak tebrik eden Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, “Ülkemizin tam akreditasyona sahip, öğrenci odaklı, öncü bir araştırma üniversitesi olarak, TÜBİTAK’taki liderliğimizi sürdürüyoruz. Bir kültüre dönüştürerek sürdürülebilir hale getirdiğimiz Ar-Ge, inovasyon ve araştırma ekosistemimiz meyvelerini vermeye devam ediyor. Multidipliner konsepte hazırlanan projelerimiz TÜBİTAK başta olmak üzere hem ulusal hem de memleketler arası kıymetlendirme ve fonlama kuruluşları tarafından takviye almayı sürdürüyor. Hazırladıkları proje ile araştırma geliştirme vizyonumuza nitelikli katkı sunan Ege Tip fakültesi Parazitoloji İSİM ve Sıhhat Bilimleri Enstitü, Temel Onkoloji İSİM öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner’i ve proje grubunu tebrik ediyor, muvaffakiyetlerinin devamını diliyorum” diye konuştu.

Araştırmanın ayrıntıları ile ilgili bilgi veren proje yürütücüsü Doç. Dr. Ayşe Caner, “Melanom, malign deri tümörü olup son yıllarda insidansı giderek artış göstererek ve en ölümcül deri kanseri olması nedeniyle kıymetli bir sıhhat sorunudur. Melanomda prognoz ve sağ kalım oranları hastalık evresi ile direkt bağlı olup lezyonların erken teşhis ve tedavisi hayati ehemmiyet taşıdığından melanomun erken tanısı için biyobelirteçlere muhtaçlık duyulmaktadır. Öteki yandan Displastik Nevüslerin (DN) melanomu taklit edebildiği, melanom prekürsörü olabileceği ve melanom gelişme riskini artırabildiği bilinmektedir. DN’den melanom gelişimine neden olan faktörler ve moleküler patogenez net olarak bilinmediği için bu alanda daha çok yeni çalışmalara gereksinim vardır. Klinik olarak melanom kuşkusu yahut riski nedeniyle her DN’nin eksize edilmesi tarafında eğilim bulunmaktadır. Bu durum gereksiz bir iş yüküne, maliyete, hastalarda korkuya ve çoklu lezyonları olanlarda skarlar nedeniyle kozmetik sıkıntılara da yol açabilmektedir. Bu manada klinisyenin rutin muayenesi sırasında yol gösterecek, erken evrede melanomu tespit edebilecek, nevüs ve melanom ayrımını yapabilecek, gereksiz cerrahinin önüne geçerek sıhhat maliyetlerini azaltacak, ayrıyeten malign dönüşüm düzeneklerine dair yeni bilgiler sunabilecek yeni datalara ve noninvazif biyobelirteçlere gereksinim vardır” dedi.

“Literatürde kanser ve kan mikrobiyotası ile ilgili çalışmalar çok sınırlı”

Günümüzde, mikrobiyota değişikliklerinin, kanserin gelişmesi ve büyümesi ile bağlantılı olduğu ve tedaviye karşılığı etkileyebildiğinin ortaya konulduğunu söz eden Doç. Dr. Ayşe Caner, “Bunun yanında, insan deri mikrobiyotası ile deri kanserleri ortasındaki irtibat hakkında çok az şey bilinmektedir. Melanom deri sürüntü örneklerinde bakteriyel mikrobiyota ile ilgili az sayıda çalışma bulunmakta birlikte bunların birçok in vivo/in vitro çalışmalardır. Ayrıyeten derideki mantarlar ve parazitleri içeren ökaryotik mikroorganizmaların mikrobiyotası üzerine rastgele bir çalışma bulunmamaktadır. Öte yandan klasik olarak steril olarak kabul edilmesine karşın kan mikrobiyotası ise yeni ve üzerinde çok az çalışılmış bir kavram olup son vakitlerde epeyce dikkat çekmeye başlamıştır. Kan mikrobiyotasının beden bölgelerinden translokasyon ile kaynaklandığı, bilhassa de insan deri ve ağız mikrobiyotasına ilişkin mikrobiyal DNA’ları paylaştığı gösterilmiştir. Epitel bariyer değişiklerin kana transloke olan mikrobiyal popülasyonlarda değerli rolleri olduğu rapor edilmiştir. Bu nedenle, sirkülasyondaki mikrobiyal popülasyonlarının ve varyasyonlarının, hastalıkların teşhisi için kıymetli bir biyobelirteç olabileceği belirtilmektedir. Lakin, literatürde kanser ve kan mikrobiyotası ile ilgili çalışmalar çok sonlu sayıdadır” diye konuştu.

Doç. Dr. Ayşe Caner, “Son yıllarda lipidlerin kanser gelişimine ve progresyonuna ilişkin tesirleri ortaya konulmaya başlandıkça bu hususa olan ilgi giderek artmaya başlamıştır. Çalışmalar, lipidlerin, kanser hücrelerinin çoğalmasına, metastazına ve anjiyogenezine katıldıkları, kanser gelişimi ve ilerlemesi ile bağlantılı olduğunu bildirmiştir. Kanserdeki biyobelirteçlerin keşfinde, sıhhat ve hastalık durumunun lipid profilinin karşılaştırılması en değerli uygulamalardan biridir. Olağandışı hücresel lipid ölçüsü ve bileşiminin, kanserin başlamasına ve gelişmesine katkıda bulunan hücresel işlevlerdeki değişikliklerle bağlantılı olduğu bildirilmiştir. Ayrıyeten çalışmalardan elde edilen bilgiler lipidler ve mikrobiyota ortasındaki ilginin kıymetini belirtmişler ve lipidlerin konakçı fizyolojisi üzerindeki tesirlerinin mikrobiyotaya bağlı olduğunu ortaya koymuştur” dedi.

“Gönüllülerden yüzeysel deri ve kan örnekleri toplanacak”

Bilimsel çalışmanın emellerinden bahseden Doç. Dr. Ayşe Caner, “Projemizin gayesi melanomun erken tanısı ve DN’den ayırımında kan ve derideki lipidler ve mikrobiyal popülasyonlardaki değişikler ile noninvazif biyobelirteçlerin tanımlanması, epitel bariyer değişiklikleri ile deri mikrobiyotasının kana translokasyonun belirlenmesi, lipidlerin ve mikrobiyotanın melanom gelişim düzeneğinde rollerinin gösterilmesidir. Bu hedefle, in situ, evre I ve II melanom lezyonları olan hastalar, DN ve benign nevus (BN) olan bireyler çalışmaya dahil edilecektir. Her bir gönüllünün yüzeysel deri örnekleri ve kan örnekleri toplanacaktır. Bu örneklerde deri/kan mikrobiyotası ve lipid profilleri araştırılacak, bilhassa kana transloke olan hem bakteri hem de ökaryotik mikroorganizmaların tahlilleri gerçekleştirilecektir. Sekans sonrasında elde edilen bilgiler denetim ve filtrelerden sonra BLAST algoritması ile eşleştirilecektir. Metagenomik tahliller ile istatiksel en manalı olarak belirlenen mikroorganizmalardan 4-6 tanesi seçilecek ve farklı bir deney kümesinde bu mikroorganizmaların DNA’ları PCR formülü ile valide edilecektir. Lipidomik tahlilleri için lipid izolasyonu gerçekleştirilecektir. Elde edilen ekstraklar süratli bir vakumlu santrifüj ile kurutularak liyofilize edilecektir. Bu liyofilize örnekler Güney Kore, Yonsei Üniversitesi, Kimya kısmına lipid tahlili için gönderilecektir. Elde edilen lipidler, tanımlanacak ve potansiyel lipid belirteç adaylarını taramak için lipid tiplerinin sayısallaştırılmış sonuçlarıyla istatistiksel tahliller gerçekleştirilecektir. Daha sonra elde edilen datalar, mikrobiyota ve klinik bilgiler ile karşılaştırılmalı olarak tahlil edilecektir” diye konuştu.

Multidisipliner ve memleketler arası araştırma grubu

Projenin; dermato-onkologlar, patolog, moleküler onkolog, moleküler biyologlar, biyoinformatikciler ve kimyacılardan oluşan multidisipliner bir araştırma kümesi tarafından gerçekleştirileceğini vurgulayan Doç. Dr. Ayşe Caner, Yonsei Üniversitesi’nden lipidomik konusunda epeyce tecrübeli bir  kimyagerin araştırmacı olarak vazife alacağını tabir etti. 

Yürütücülüğünü Doç. Dr. Ayşe Caner’in yaptığı projede Prof. Dr. Işıl Karaarslan, Prof. Dr. Myeong Moon, Doç. Dr. Nilay Duman, Dr. Öğr. Üyesi Ufuk Mert, Öğr. Gör. Dr. Umut Şahar araştırmacı olarak Doç. Dr. Banu Yaman ve Dr. Öğr. Üyesi Yasin Kaymaz ise danışman olarak yer alıyor.

Kaynak: (BYZHA) Beyaz Haber Ajansı